Çok Gizli UFO Projeleri, hükümetlerin yıllarca gizli tuttuğu iddia edilen UFO kayıtlarını, tanık ifadelerini ve uzaylılarla temas söylentilerini konu alıyor. Anlatıcı, eski raporları, askeri belgeleri ve kamuoyundan saklandığı öne sürülen görüntüleri peş peşe aktarıyor. UFO araştırmacısı, farklı ülkelerde görülen cisimlerin benzer yönlerini inceliyor ve resmi açıklamalardaki boşluklara dikkat çekiyor. Bir başka araştırmacı, devlet kurumlarının olayları neden örtbas ettiğini sorguluyor. Tanıklar, gökyüzünde gördükleri araçları, ani kayboluşları ve açıklanamayan ışıkları anlatıyor. Bölümler ilerledikçe Soğuk Savaş dönemi deneyleri, gizli üs iddiaları ve istihbarat bağlantıları öne çıkıyor. Ortaya atılan her iddia, yeni bir kayıt ya da eski bir dosyayla yeniden tartışılıyor.