Cowboy Bebop, Güneş sisteminde suçluların peşine düşen üç parasız ödül avcısının hikayesini anlatıyor. Spike, Jet ve Faye, yakıt ve yiyecek masraflarını karşılamak için gezegenler arasında iş aramaktadır. Her yeni hedef, onları silahlı çetelerle ve tehlikeli suçlularla karşı karşıya getirmektedir. John Cho'nun Spike'ı, rahat tavırlarının ardında kanlı geçmişini saklamaktadır. Mustafa Shakir'in Jet'i ise ekibi ve Bebop adlı gemiyi ayakta tutmaya çalışmaktadır. Faye, kendi hesabını gözetse de zorlu avlarda onlara katılmaktadır. Ancak Spike'ın geride bıraktığını sandığı Vicious yeniden karşısına çıkmıştır. Julia ile olan geçmişi de onu eski hesaplaşmaların içine çekmektedir. Ekip yeni ödüllerin peşinde koşarken, Spike geçmişinden kaçmanın sandığı kadar kolay olmadığını fark etmektedir.