Godzilla Singular Point, gizemli bir şarkının izini süren Mei ile Yun’un, dünyayı tehdit eden esrarengiz bir felakete karşı verdiği mücadeleyi anlatıyor. Mei, araştırmaları sırasında aynı frekansa bağlanan tuhaf sinyaller bulur. Yun ise Otaki Fabrikası’nda sıradan görünen bir iş için giderken açıklayamadığı olaylarla karşılaşıyor. Mei ile Yun ayrı yerlerde aynı bilmecenin parçalarını toplarken Pelops II onlara veriler sunar, Goro ve Haberu da işin içine girer. Kısa sürede kırmızı toz, garip yaratıklar ve eski kayıtlar birbirine bağlanır. Şarkının kaynağı yaklaştıkça tehdidin boyutu büyür. Mei hesap yapıyor, Yun sahaya çıkıyor, herkes zamanla yarışıyor. Çünkü ortaya çıkan güç, sadece bir şehri değil tüm dünyayı vurabilecek kadar büyüktür.