House of Ninjas, geçmişte ninja olarak çalışan Tawara ailesinin yeniden göreve dönmek zorunda kalmasını konu alıyor. Haru, sakin bir hayat kurmaya çalışırken aileyi hedef alan tehditler ortaya çıkıyor. Soichi, yıllardır uzak durduğu kuralları yeniden hatırlıyor ve evdekileri topluyor. Yoko, olan biteni kontrol altında tutmaya çalışıyor. Gaku, eski hesapların peşinden gidiyor. Nagi ise bu karanlık dünyanın tam ortasında kalıyor. Aile, dışarıdan normal görünmeye çalışırken geceleri iz sürüyor, saklanıyor ve saldırıları durdurmak için harekete geçiyor. Her adımda geçmişten gelen düşmanlar karşılarına çıkıyor, evdeki kırgınlıklar da işleri zorlaştırıyor. Haru, hem ailesini korumak hem de yeniden dövüşmek zorunda kalıyor.