NCIS, Origins'te, 1991 yılında Leroy Jethro Gibbs, Camp Pendleton'daki yeni NCIS birimine özel ajan olarak katılıyor ve daha ilk günden sert kurallarla, askeri dosyalarla ve zor soruşturmalarla uğraşıyor. Tecrübeli ajan Mike Franks'e hayat veren Kyle Schmid, ekibi sonuç almak için baskı altında tutuyor ve Gibbs'i sahada hızlı karar vermeye zorluyor. Gibbs, cinayet dosyaları ve üs içindeki karışık olaylar arasında yerini bulmaya çalışırken Lala Dominguez, Vera Strickland ve Mary Jo Hayes ile birlikte çalışıyor. Leroy Jethro Gibbs'e hayat veren Austin Stowell, genç ajanın öfkesini dizginlemeyi, güven kazanmayı ve hata yapmadan ayakta kalmayı öğrenmesini izletiyor. Her yeni görevde ekip içindeki sert çekişmeler de soruşturmaları daha çetin hale getiriyor.