Steins;Gate 0, Kurisu’yu kurtaramadıktan sonra geçmişinden uzaklaşmaya çalışan Rintaro Okabe’nin hikayesini anlatmaktadır. Rintaro Okabe rolüyle Mamoru Miyano, yaşadığı yenilginin ardından Hououin Kyouma kimliğini geride bırakan genç bilim insanına ses vermektedir. Okabe üniversite hayatına dönmüş ve zaman yolculuğu deneylerinden vazgeçmiştir. Bir süre sonra Maho Hiyajo ile tanışmaktadır. Maho, insanların anılarını ve kişiliklerini dijital ortamda saklayan Amadeus adlı sistemi test etmektedir. Okabe programa katıldığında, Kurisu’nun anılarından oluşturulan yapay zekâ ile konuşmaya başlamaktadır. Bu görüşmeler onu kaçmaya çalıştığı geçmişe yeniden taşımaktadır. Sistemle bağlantılı gelişmeler, Beta Çekim Alanı’nın karanlık geleceğine dair yeni tehlikeleri ortaya çıkarmaktadır. Okabe, Kurisu’nun dijital varlığıyla yakınlaştıkça beklenmedik olayların merkezinde kalmaktadır.