Dinozorların yaşadığı tehlikeli bir yeraltı dünyasında, Manny ve Ellie ilk yavrularını beklerken Sid yine başını derde sokar. Ray Romano'nun oynadığı Manny, ailesini korumaya çalışır ve arkadaşlarını bir arada tutar. Sid, bulduğu dinozor yumurtalarını sahiplenip yavrularla ilgilenir, ancak bu durum dinozorların dikkatini çeker. Dinozorlar Sid'i alıp götürünce Manny, Diego ve Ellie onu kurtarmak için yola çıkar. Yol boyunca gizemli bir yeraltı vadisine inerler ve burada Buck ile tanışırlar. Buck, onlara dinozorların izini sürerken yol gösterir. Grup, Sid'i bulmak için tehlikeli geçitlerden, dar mağaralardan ve yırtıcıların arasından geçer. Scrat ise meşe palamudunun peşini bırakmaz ve kendi macerasını yaşar.