Da Vinci Şifresi, Paris’te işlenen bir cinayetin ardından başlayan şifre çözme ve kaçış hikayesini anlatıyor. Louvre Müzesi müdürü ölü bulununca olay yerine Robert Langdon çağrılıyor. Cinayet yerinde bırakılan ipuçlarını inceleyen Langdon, polis şifre uzmanı Sophie Neveu ile birlikte çalışmaya başlıyor. İkili, izleri takip ederek Paris sokaklarında ve tarihi yapılarda ipuçlarını birleştiriyor. Bu sırada Captain Bezu Fache onları yakından izliyor, Silas ise peşlerini bırakmıyor. Robert ve Sophie, Sir Leigh Teabing’in yardımına başvuruyor ve gizli bağlantıları anlamaya çalışıyor. Aradıkları cevaplar onları tehlikeli bir takibin içine çekiyor.