1999’da Filipinler’de dev yaratıklara ait kalıntılar bulunur. Ardından Japonya’da bir nükleer santral büyük bir felaket yaşar ve çevresi yasak bölge ilan edilir. Yıllar sonra Joe Brody, olayın bir deprem olmadığını düşünerek o bölgeye geri döner ve kaynağın yeniden hareket ettiğini fark eder. Bryan Cranston’un oynadığı Joe Brody, oğlunu Ford’u da peşinden sürükler. Ford, eşini ve çocuğunu geride bırakıp babasının izini takip eder. Bu sırada nükleer enerjiden beslenen dev bir yaratık ortaya çıkar ve büyük yıkım başlatır. Amerikan Ordusu, yaratığı durdurmak için harekete geçerken Ford ve diğerleri hayatta kalmaya çalışır.