Hellboy II: Altın Ordu, Hellboy’un yeni bir görev için gizemli bir tehditle yüzleşmesini anlatıyor. Hellboy, Liz Sherman ve Abe Sapien ile birlikte görev başına çağrılır. Nuada, insanlar ile yeraltı varlıkları arasındaki eski anlaşmanın bozulmasını fırsat bilir ve Altın Ordu’yu uyandırmak için harekete geçer. Hellboy, Nuada’nın planını durdurmak için peşine düşer. Ancak karşısındaki güç büyüdükçe, Hellboy daha fazla destek ve güç bulmak zorunda kalır. Johann Krauss da bu mücadelede ekibe katılır. Grup, hem insanları hem de dünyayı tehdit eden yaratıklarla ardı ardına çatışır. Hellboy, Nuada’ya ulaşmak için tehlikeli bir yolun içine girer.