Alcatraz’ı ele geçiren isyancı deniz komandoları, adayı silah deposuna çevirir ve San Francisco Körfezi’ni tehdit eder. Eski General Francis X. Hummel, hükümete 100 milyon dolar istemektedir, aksi halde kimyasal roketleri ateşleyecektir. Hapisten kaçmayı başaran John Patrick Mason devreye girer, çünkü adanın yollarını bilir. Dr. Stanley Goodspeed ise kimyasal silahları çözmek için ekibe katılır. John Patrick Mason’ı Sean Connery oynuyor. Dr. Stanley Goodspeed’i Nicolas Cage oynuyor. İkili, dar tünellerden ve kapalı koridorlardan geçip adaya sızar, ama içeride ağır silahlı askerler nöbet tutar. Womack ve Baxter dışarıdan operasyonu izlerken, içeride zaman daralır ve her adım yeni bir çatışma doğurur.