Köstebek'te, FBI ajanı Joe Pistone, Donnie Brasco adıyla mafyanın içine girer. New York sokaklarında Benjamin 'Lefty' Ruggiero ile yakınlaşır. Lefty, Donnie'yi yanına alır, ona işlerini öğretir ve her adımını izler. Donnie, Sonny Black ve Nicky Santora ile de aynı çevrede dolaşır, toplantılara gider, güven kazanmaya çalışır. Paulie'nin adamları arasında yer buldukça, görevini gizli tutması daha zor hale gelir. Lefty, Donnie'yi kendi çevresine sokar ve ona sahip çıkar. Donnie ise her görüşmede gerçek kimliğini saklar. FBI, operasyonu hızlandırdığında, Joe Pistone'un işi daha da tehlikeli bir noktaya gelir.