Thomas, arkadaşlarıyla birlikte Labirent’ten kurtulduktan sonra WCKD’yi aramaya koyulur. Grup, yıkık sokakların ve sıcak fırtınaların hâkim olduğu Scorch bölgesinde ilerlerken karşılarına yeni tehlikeler çıkar. Thomas ve Teresa, yol boyunca kendi taraflarını seçmeye çalışır, Newt ve Minho ise ekibi ayakta tutmak için uğraşır. Jorge ile karşılaşmaları onları direnişçilerin arasına taşır. Thomas, burada WCKD’nin peşinde koştuğu planların izini sürer. Ancak yol uzadıkça güven azalır, takip edilip edilmedikleri netleşmez ve ekip her adımda daha büyük bir baskı altında kalır.