Ninja Kaplumbağalar, New York'u ele geçiren Shredder ve çetesine karşı dört mutant kaplumbağanın verdiği mücadeleyi anlatıyor. Şehirde polis ve siyasetçiler baskı altındadır, halk ise ne yapacağını bilemez. Kanalizasyonda yaşayan Leonardo, Raphael, Donatello ve Michelangelo, yüzeye çıkar ve suçu durdurmak için harekete geçer. April O'Neil, olayların peşine düşer ve kameramanı Vern Fenwick ile kaplumbağalara yardım eder. Pete Ploszek'in Leonardo'su gruba yön verir, Alan Ritchson'ın Raphael'i ise daha sert ve atılgan davranır. Dörtlü, Shredder'in adamlarını izler, izlerini sürer ve planını bozmak için şehir içinde mücadele eder. New York'ta çatışma büyürken, kaplumbağalar hem kendilerini hem de kenti korumaya çalışır.