Vincent Van Ghoul, yarım kalmış bir hayalet soruşturmasını tamamlamak için Daphne’den yardım istemiştir. Daphne, Shaggy ve Scooby ile birlikte yola çıkmış, ekip Şeytan Sandığı’ndan kaçan 13. Hayalet’i bulmaya çalışmıştır. Eski dosyalar, terk edilmiş mekanlar ve izini kaybettiren ipuçları onları peş peşe yeni tehlikelere taşımıştır. Daphne Blake’i Grey DeLisle oynuyor. Shaggy Rogers’ı Matthew Lillard oynuyor. Shaggy ve Scooby, korkularının üstüne giderken peşlerine takılan engellerden kurtulmaya çalışmıştır. Velma da araştırmayı sürdürmüş, Benny ise ekibin karşısına yeni bir sorun çıkarmıştır. Bu kovalamaca, onları beklenmedik bir yüzleşmeye doğru götürürken 13. Hayalet gerçekten yakalanabilecek midir?