Son Köle Gemisinin İzinde'te, 2019 yılında Clotilda adlı köle gemisinin enkazı bulunur. Bu keşif, gemide zorla getirilen insanların torunlarının yaşadığı Africatown topluluğunu harekete geçirir. Topluluk üyeleri, atalarının hikayesini öğrenmek ve kültürel miraslarını korumak için geminin geçmişini araştırmaya başlar. Kameralar, Kamau Sadiki, Emmett Lewis, Vernetta Henson, Veda Tunstall ve Joycelyn Davis ile yapılan görüşmeleri izler. Her biri, ailelerinden dinledikleri anlatıları ve kayıp yılların bıraktığı izleri paylaşır. Araştırma ilerledikçe, topluluk kendi köklerini daha yakından inceler ve Clotilda'nın yok oluşuna dair soruların peşine düşer.