Mega City’de Trinity, bir otel odasında polis ve Ajanlar tarafından kıstırılır, ama kaçmayı başarır. Morpheus ile bağlantı kurar ve ardından Ajanlar, Neo adlı bir adamı aramaya başlar. Thomas Anderson, yani Neo, bilgisayar korsanlığı yaparken Matrix hakkında ipuçları toplar. Trinity, onunla temas kurar ve Morpheus’un gerçeği anlatacağını söyler. Neo, Morpheus ile buluşur ve onun verdiği kırmızı hapı seçer. O an, kendini sıvı dolu bir kapsülde uyanırken bulur. Morpheus rolüyle Laurence Fishburne, Neo’yu bu yolculukta yönlendirir. Ajan Smith ise onu yakalamaya çalışır.