Profesör Charles Xavier, mutantları bir arada tutmaya çalışan bir liderdir. William Stryker, insanlığı tehdit eden bir plan kurar ve saldırılarını büyütür. Xavier, bu tehlikeye karşı ekibini toplar. Magneto, kendi çıkarları olsa da bu mücadelede yer alır. Wolverine ise geçmişine dair izlerin peşine düşer ve yaptığı araştırma onu önemli bir çatışmanın içine çeker. Jean Grey de ekibin yanında durur ve yaklaşan tehdide karşı savaşır. Şehir baskı altına girerken mutantlar, Stryker’ın planlarını durdurmak için birlikte hareket eder. Wolverine, hem kendi kimliğini hem de karşısındaki tehlikeyi daha yakından öğrenir.