Denizdeki Ateş'te, Lampedusa adasında 12 yaşındaki Samuel günlük hayatını sürdürmeye çalışır. Denizle çevrili bu yerde sapanıyla kuş avlamayı, karada dolaşmayı ve kendi halinde kalmayı sever. Ada kıyılarına ise sürekli göçmen tekneleri yaklaşır, sahile ulaşmaya çalışan insanlar gece gündüz görülür. Samuele Pucillo'nun oynadığı Samuel, bu hareketli ortamın içinde sıradan çocukluk anlarını yaşamaya çalışır. Pietro Bartolo'nun oynadığı doktor, adaya gelen insanlara yardım ederken, ada halkı da bu akının yarattığı yoğunluğu her gün hisseder. Samuel’in ailesi, limana ve kıyıya yansıyan bu bitmeyen gelişleri izlerken, adadaki yaşam da onun gözünden sessiz ama sürekli bir baskı altında ilerler.